ECOLOGIA MOLECULAR

By:

Contributor(s):

VALERIA SOUSA

Language: Español Publication details: UNAM México 2007Edition: 1ra.ediciónDescription: 592 pg Ilustración 16x23cmISBN:

9789688178393

Subject(s):

Ecología

LOC classification:

QH541 15M63 E36

Contents:

Índice Introducción a la Ecología Molecular Luis E. Eguiarte y Valeria Souza 1 Agradecimientos 7 Primera parte. Teoría 9 Capítulo 1. La selección natural a nivel molecular Amanda Castillo Cobián Tipos de selección The neutral expectation Adaptación a nivel molecular La selección a nivel genómico Bibliografía Capítulo 2. Flujo génico: métodos para estimarlo y marcadores moleculares Erika Aguirre Planter Métodos directos Métodos indirectos 11 12 13 14 37 43 49 50 51 Métodos genealógicos Bibliografía Capítulo 3. Tamaño efectivo de la población Alejandra Moreno Letelier ¿Qué significa el tamaño efectivo? Métodos de estimación directos Métodos ecológicos y demográficos Métodos indirectos Métodos de máxima verosimilitud y coalescencia Aplicaciones Conclusión Bibliografía 56 59 63 64 65 66 71 73 81 83 84 Capítulo 4. Reconstrucción de la historia de cambio de los caracteres 87 León Martínez Castilla Árboles, genes y organismos 89 Homología y alineación 104 Modelos de sustitución 112 Secuencias no alineables y métodos que no requieren alineación 123 Métodos de estimación de filogenias 127 Evaluación estadística de árboles 145 Métodos que pueden colocar OTUs contemporáneos en nodos internos 148 y otras novedades Bibliografía 152 Segunda parte. Temas fundamentales de la ecología molecular 161 Capítulo 5. Los análisis de paternidad, ¿para qué nos sirven? Jordan Golubov y Jorge Ortega 163 La teoría y los métodos Aplicación en animales Aplicación en plantas Conclusión Bibliografía 165 171 173 174 178 Capítulo 6. La estimación de la endogamia y la relación 183 entre la tasa de fecundación cruzada y los sistemas reproductivos en plantas con flores: una interpretación de su significado evolutivo César A. Abarca García y Adriana López Villalobos Las distintas formas de medir la endogamia 185 Estimaciones de la tasa de fecundación cruzada en poblaciones naturales de angiospermas Bibliografía 193 204 Capítulo 7. La clonalidad y sus efectos en la biología de poblaciones 215 María C. Mandujano Sánchez Organización jerárquica en plantas clonales y definiciones operativas 217 Tipos de clonación y frecuencia de clonalidad en las plantas 220 Ventajas y desventajas de la clonalidad 223 Demografía: estructura y dinámica 224 Distribución espacial de individuos en especies clonales 228 y frecuencia de reclutamiento clonal en las poblaciones Adecuación en plantas clonales Estructura y variación genética en especies de plantas clonales Análisis demográfico-genético Discusión y consideraciones finales Bibliografía Capítulo 8. Ecología molecular de la conservación Martha Rocha y Jaime Gasca Un poco de historia Pero, ¿qué relación guardan la genética y la conservación? Especies en peligro, ¿a quién hay que proteger? Principios básicos en genética de la conservación Los enfoques actuales de la genética de la conservación Conclusiones y perspectivas Bibliografía 230 234 240 242 244 251 252 253 254 254 266 271 272 Tercera parte. La ecología molecular de los microorganismos 279 Capítulo 9. La recombinación: relevancia evolutiva y métodos de estimación, con énfasis en microorganismos Rodolfo Salas Lizana 281 Mecanismos de la recombinación en eucariontes Mecanismos de la recombinación en procariontes Consecuencias de la recombinación Las poblaciones microbianas: clonalidad vs. panmixia Ejemplos de recombinación en bacterias Ejemplos de recombinación en hongos filamentosos Detectores y estimadores de la recombinación Estimación de la recombinación Consideraciones finales Bibliografía 282 284 286 288 289 291 292 305 310 311 Capítulo 10. La especie como unidad evolutiva: uso de marcadores 325 moleculares para su reconocimiento y delimitación, con especial énfasis en microorganismos René Cerritos Flores De lo natural a lo artificial y de lo universal a lo particular 326 Limitaciones de cada método para reconocer y delimitar 331 unidades evolutivas El concepto de especie en microorganismos, un problema aún no resuelto 337 Consideraciones finales 342 Bibliografía 343 Capítulo 11. Ecología evolutiva de bacterias y el concepto de especie: el caso de los rizobios Claudia Silva y Pablo Vinuesa La interacción rizobios-leguminosas Genética de poblaciones y evolución en bacterias Tres estudios de caso con rizobios Conclusiones Bibliografía 351 351 355 368 377 380 Capítulo 12. Ecología molecular en el estudio de comunidades bacterianas Ana E. Escalante El problema: comunidades y diversidad bacteriana, microorganismos cultivables y no cultivables ¿Cómo mejorar la recuperación en cultivo? ¿Qué hacer con los no cultivables? Métodos moleculares y otros métodos Métodos estadísticos para el análisis de las comunidades bacterianas Revisión de estudios empíricos, crítica y perspectivas Bibliografia 393 394 394 396 397 408 414 416 Cuarta parte. La ecología molecular de plantas y animales 425 Capítulo 13. Ecología evolutiva de las zonas de hibridación Antonio González Rodríguez 427 Aspectos teóricos Estudios de zonas de hibridación en plantas y animales Bibliografía Capítulo 14. Filogeografía y vertebrados Ella Vázquez Domínguez Algunos aspectos generales sobre filogeografía La molécula estrella, el ADN mitocondrial Teoría de coalescencia y métodos de análisis Filogeografía de vertebrados Filogeografía intraespecífica Filogeografía comparada Bibliografía Capítulo 15. Filogeografía de aves mexicanas Blanca Estela Hernández-Baños, Magali Honey-Escandón, María N. Cortés-Rodríguez y Gabriela García Deras Métodos y análisis de la filogeografía Estudios mexicanos Bibliografía 428 432 435 441 442 444 447 449 453 459 461 467 470 479 490 Quinta parte. Las herramientas moleculares 497 Capítulo 16. Extracción de ácidos nucleicos Luisa I. Falcón y Aldo Valera El ADN en el laboratorio 499 ADN Protocolos de extracción de ADN implementados en el laboratorio de Evolución Molecular y Experimental del Instituto de Ecología Extracción de ADN de bacterias gram negativas Extracción de ADN en plantas Extracción de ADN en animales ARN Métodos de extracción del ARN Bibliografía Capítulo 17. Guía práctica sobre la técnica de PCR Laura Espinosa Asuar Tipos de técnicas ¿Qué se necesita para hacer un PCR y cómo conseguir estos reactivos en México? Haciendo PCR: cómo hacerlo y algunos tips para que salga mejor Métodos para visualizar el PCR Recetas Bibliografía Capítulo 18. Breve revisión de los marcadores moleculares Miroslava Rentaría Alcántara Variación morfológica y variación molecular Marcadores moleculares Isoenzimas/aloenzimas RAPDs Microsatélites ISSRs RFLPs AFLPs 500 500 502 503 506 511 512 513 515 517 520 523 524 532 536 536 541 541 542 544 545 548 550 552 554 Secuenciación de ADN Microarrays (microarreglos) Bibliografía Capítulo 19. Inter Simple Sequence Repeats (ISSRs) Andrea González y Xitlali Aguirre Ventajas y desventajas Aplicaciones Bibliografía

Summary: La Ecología Molecular es una novedosa y vigorosa rama de la Ecología. De manera resumida la podemos definir como el empleo de herramientas moleculares para resolver problemas ecológicos. Tal aplicación ha abierto la puerta para el estudio de problemas que hace pocos años nos parecían insolubles aunque fascinantes y centrales. Al mismo tiempo ha generado nuevas preguntas y campos de conocimiento, tanto en lo ecológico como en lo evolutivo. La Ecología Molecular se ha enfocado al uso de marcadores genéticos para resolver problemas poblacionales, como queda claro de hojear cualquier número de la revista Molecular Ecology. Y trata de resolver los problemas clásicos de la ecología de poblaciones: ¿Cómo definir una población?; ¿Dónde acaba y dónde inicia?; ¿Cómo definir a las especies?; ¿Cómo analizar a las poblaciones híbridas? y ¿Cuáles son realmente las especies que les dieron origen? Otros problemas clásicos dentro la Ecología Molecular han sido su uso para llevar a cabo análisis de paternidad, pregunta central en el estudio de la conducta, la evolución de los sistemas reproductivos y la selección sexual. Íntimamente relacionado con el análisis de paternidad está la estimación directa del flujo génico, y en este tenor, la Ecología Molecular rápidamente se confunde con la Genética de Poblaciones, disciplina que le da sustento a todos los análisis formales con marcadores moleculares. Adicionalmente, la Ecología Molecular ha tratado de usar los marcadores genéticos para decidir si un organismos pertenece o no a una especie.

Holdings
Item type	Current library	Collection	Call number	Copy number	Status	Date due	Barcode
Libro	CI Gustavo A. Madero Sala General	Colección General	QH541 15M63 E36 2007	EJ.1	Available		01286Q

Índice

Introducción a la Ecología Molecular Luis E. Eguiarte y Valeria Souza

1

Agradecimientos

7

Primera parte. Teoría

9

Capítulo 1. La selección natural a nivel molecular Amanda Castillo Cobián Tipos de selección The neutral expectation Adaptación a nivel molecular La selección a nivel genómico Bibliografía

Capítulo 2. Flujo génico: métodos para estimarlo y marcadores moleculares Erika Aguirre Planter Métodos directos Métodos indirectos

11 12 13 14 37 43 49 50 51

Métodos genealógicos Bibliografía

Capítulo 3. Tamaño efectivo de la población Alejandra Moreno Letelier ¿Qué significa el tamaño efectivo? Métodos de estimación directos Métodos ecológicos y demográficos Métodos indirectos Métodos de máxima verosimilitud y coalescencia Aplicaciones Conclusión Bibliografía

56 59 63 64 65 66 71 73 81 83 84

Capítulo 4. Reconstrucción de la historia de cambio de los caracteres 87 León Martínez Castilla Árboles, genes y organismos 89 Homología y alineación 104 Modelos de sustitución 112 Secuencias no alineables y métodos que no requieren alineación 123 Métodos de estimación de filogenias 127 Evaluación estadística de árboles 145 Métodos que pueden colocar OTUs contemporáneos en nodos internos 148 y otras novedades Bibliografía

152

Segunda parte. Temas fundamentales de la ecología molecular

161

Capítulo 5. Los análisis de paternidad, ¿para qué nos sirven? Jordan Golubov y Jorge Ortega

163

La teoría y los métodos Aplicación en animales Aplicación en plantas Conclusión Bibliografía

165 171 173 174 178

Capítulo 6. La estimación de la endogamia y la relación 183 entre la tasa de fecundación cruzada y los sistemas reproductivos en plantas con flores: una interpretación de su significado evolutivo César A. Abarca García y Adriana López Villalobos Las distintas formas de medir la endogamia 185 Estimaciones de la tasa de fecundación cruzada en poblaciones naturales de angiospermas Bibliografía

193 204

Capítulo 7. La clonalidad y sus efectos en la biología de poblaciones 215 María C. Mandujano Sánchez Organización jerárquica en plantas clonales y definiciones operativas 217 Tipos de clonación y frecuencia de clonalidad en las plantas 220 Ventajas y desventajas de la clonalidad 223 Demografía: estructura y dinámica 224 Distribución espacial de individuos en especies clonales 228 y frecuencia de reclutamiento clonal en las poblaciones Adecuación en plantas clonales Estructura y variación genética en especies de plantas clonales Análisis demográfico-genético Discusión y consideraciones finales Bibliografía

Capítulo 8. Ecología molecular de la conservación Martha Rocha y Jaime Gasca Un poco de historia Pero, ¿qué relación guardan la genética y la conservación? Especies en peligro, ¿a quién hay que proteger? Principios básicos en genética de la conservación Los enfoques actuales de la genética de la conservación Conclusiones y perspectivas Bibliografía

230 234 240 242 244 251 252 253 254 254 266 271 272

Tercera parte. La ecología molecular de los microorganismos

279

Capítulo 9. La recombinación: relevancia evolutiva y métodos de estimación, con énfasis en microorganismos Rodolfo Salas Lizana

281

Mecanismos de la recombinación en eucariontes Mecanismos de la recombinación en procariontes Consecuencias de la recombinación Las poblaciones microbianas: clonalidad vs. panmixia Ejemplos de recombinación en bacterias Ejemplos de recombinación en hongos filamentosos Detectores y estimadores de la recombinación Estimación de la recombinación Consideraciones finales Bibliografía

282 284 286 288 289 291 292 305 310 311

Capítulo 10. La especie como unidad evolutiva: uso de marcadores 325 moleculares para su reconocimiento y delimitación, con especial énfasis en microorganismos René Cerritos Flores De lo natural a lo artificial y de lo universal a lo particular 326 Limitaciones de cada método para reconocer y delimitar 331 unidades evolutivas El concepto de especie en microorganismos, un problema aún no resuelto 337 Consideraciones finales 342 Bibliografía 343

Capítulo 11. Ecología evolutiva de bacterias y el concepto de especie: el caso de los rizobios Claudia Silva y Pablo Vinuesa La interacción rizobios-leguminosas Genética de poblaciones y evolución en bacterias Tres estudios de caso con rizobios Conclusiones Bibliografía

351 351 355 368 377 380

Capítulo 12. Ecología molecular en el estudio de comunidades bacterianas Ana E. Escalante El problema: comunidades y diversidad bacteriana, microorganismos cultivables y no cultivables ¿Cómo mejorar la recuperación en cultivo? ¿Qué hacer con los no cultivables? Métodos moleculares y otros métodos Métodos estadísticos para el análisis de las comunidades bacterianas Revisión de estudios empíricos, crítica y perspectivas Bibliografia

393 394 394 396 397 408 414 416

Cuarta parte. La ecología molecular de plantas y animales

425

Capítulo 13. Ecología evolutiva de las zonas de hibridación Antonio González Rodríguez

427

Aspectos teóricos Estudios de zonas de hibridación en plantas y animales Bibliografía

Capítulo 14. Filogeografía y vertebrados Ella Vázquez Domínguez Algunos aspectos generales sobre filogeografía La molécula estrella, el ADN mitocondrial Teoría de coalescencia y métodos de análisis Filogeografía de vertebrados Filogeografía intraespecífica Filogeografía comparada Bibliografía

Capítulo 15. Filogeografía de aves mexicanas Blanca Estela Hernández-Baños, Magali Honey-Escandón, María N. Cortés-Rodríguez y Gabriela García Deras Métodos y análisis de la filogeografía Estudios mexicanos Bibliografía

428 432 435 441 442 444 447 449 453 459 461 467

470 479 490

Quinta parte. Las herramientas moleculares

497

Capítulo 16. Extracción de ácidos nucleicos Luisa I. Falcón y Aldo Valera El ADN en el laboratorio

499

ADN Protocolos de extracción de ADN implementados en el laboratorio de Evolución Molecular y Experimental del Instituto de Ecología Extracción de ADN de bacterias gram negativas Extracción de ADN en plantas Extracción de ADN en animales ARN Métodos de extracción del ARN Bibliografía

Capítulo 17. Guía práctica sobre la técnica de PCR Laura Espinosa Asuar Tipos de técnicas ¿Qué se necesita para hacer un PCR y cómo conseguir estos reactivos en México? Haciendo PCR: cómo hacerlo y algunos tips para que salga mejor Métodos para visualizar el PCR Recetas Bibliografía

Capítulo 18. Breve revisión de los marcadores moleculares Miroslava Rentaría Alcántara Variación morfológica y variación molecular Marcadores moleculares Isoenzimas/aloenzimas RAPDs Microsatélites ISSRs RFLPs AFLPs

500 500 502 503 506 511 512 513 515 517 520 523 524 532 536 536 541 541 542 544 545 548 550 552 554

Secuenciación de ADN Microarrays (microarreglos) Bibliografía

Capítulo 19. Inter Simple Sequence Repeats (ISSRs) Andrea González y Xitlali Aguirre Ventajas y desventajas Aplicaciones Bibliografía

La Ecología Molecular es una novedosa y vigorosa rama de la Ecología. De manera resumida la podemos definir como el empleo de herramientas moleculares para resolver problemas ecológicos. Tal aplicación ha abierto la puerta para el estudio de problemas que hace pocos años nos parecían insolubles aunque fascinantes y centrales. Al mismo tiempo ha generado nuevas preguntas y campos de conocimiento, tanto en lo ecológico como en lo evolutivo. La Ecología Molecular se ha enfocado al uso de marcadores genéticos para resolver problemas poblacionales, como queda claro de hojear cualquier número de la revista Molecular Ecology. Y trata de resolver los problemas clásicos de la ecología de poblaciones: ¿Cómo definir una población?; ¿Dónde acaba y dónde inicia?; ¿Cómo definir a las especies?; ¿Cómo analizar a las poblaciones híbridas? y ¿Cuáles son realmente las especies que les dieron origen? Otros problemas clásicos dentro la Ecología Molecular han sido su uso para llevar a cabo análisis de paternidad, pregunta central en el estudio de la conducta, la evolución de los sistemas reproductivos y la selección sexual. Íntimamente relacionado con el análisis de paternidad está la estimación directa del flujo génico, y en este tenor, la Ecología Molecular rápidamente se confunde con la Genética de Poblaciones, disciplina que le da sustento a todos los análisis formales con marcadores moleculares. Adicionalmente, la Ecología Molecular ha tratado de usar los marcadores genéticos para decidir si un organismos pertenece o no a una especie.

Ingeniería Ambiental

There are no comments on this title.

to post a comment.

Click on an image to view it in the image viewer